In mod general considerat unul din cele mai bune jocuri de gen pentru PS2, Ultimate Ninja 4: NARUTO Shippuden beneficiaza de mai multe moduri de joc ce ofera experiente diverse celor ce se aventureaza in universul mitic al luptatorilor ninja. Noul Master Mode combina elemente de role-playing cu elemente de action, povestind in acelasi timp istoria lui Naruto dupa intoarcerea sa in satul Hidden Leaf, un fir narativ original ce nu poate fi gasit de fanii seriei in alta parte.

Jucatorii pot aduna in acest mod de joc item-uri ce folosesc la deblocarea caracterelor pentru Free Battle Mode - luptele deja devenite celebre in cadrul seriei de 1 la 1 pentru unu sau doi jucatori.

Jocul aduce si o serie de caractere noi, precum Deidara, Sasori si Chiyo dar beneficiaza si de prezenta unor caractere iubite de fani ca Gaara, Kakashi si Sakura, bineinteles, "updatate". Acestia fac parte dintr-o lista absolut impresionanta de numai putin de 52 de caractere ce pot fi folosite in lupta.

Povestea jocului incepe cu reintoarcerea lui Naruto in satul Hidden Leaf dupa un training intensiv de doi ani jumate alaturi de mentorul sau Jiraiya, pentru a-si reintalni vechii prieteni si a lua nota de tot mai marea amenintare pe care o reprezinta pentru Hidden Leaf misterioasa organizatie Akatsuki. Jucatorii sunt invitati sa preia controlul asupra unui Naruto mai experimentat si mai puternic si sa porneasca in quest-ul salvarii rivalului sau Sasuke din mainile Lordului Orochimaru, luptand continuu impotriva omniprezentilor acoliti Akatsuki.